Con il progressivo impaludamento del lago, divenne sempre più frequente la diffusione della malaria che portò ad una diminuzione demografica e di conseguenza lavorativa della zona, costringendo la popolazione, soprattutto nei mesi estivi a ritirarsi in zone più salubri. Dalla metà del Settecento in poi, con i granduchi di Lorena, incoraggiarono numerose iniziative di risanamento e bonifica, che consentirono di migliorare le condizioni di vita di quest’area. Per questi primi progetti Pietro Leopoldo incaricò Leonardo Ximenes, un matematico gesuita che progettò la Casa Rossa, edificata nel 1767. L’edificio aveva il compito di regolare e controllare il deflusso delle acque tra l’area palustre ed il mare, grazie ad un sistema di chiuse. Questo progetto avrebbe quindi dovuto da un lato, favorire la pesca grazie all’azione delle correnti e del ricambio delle acque, dall’altro evitare il diffondersi della malattia. L’ Isola Clodia situata sulla sponda opposta dell’antico Lago Prile, sembra avere origini antiche. Assunse grande importanza proprio per la posizione strategica in cui era situata, che da un lato le permetteva l’affaccio sulla parte navigabile del Prile, dall’altro guardava le strade che collegavano Castiglione della Pescaia all’entroterra.